Dana Scully, agent du FBI et ancien médecin, est chargée par sa hiérarchie de travailler au bureau des affaires non-classées. Elle rencontre alors le responsable de cette cellule du FBI un peu spéciale et très mal vue par l'institution, l'agent Fox Mulder. Marginalisé, Fox Mulder est persuadé que certaines enquêtes peuvent être résolues par une explication paranormale, surnaturelle, qui défit le rationalisme et la logique. Scully est prête à le prendre pour un fou, comme tous les autres mais petit à petit elle va découvrir que le Monde n'est pas tout à fait ce qu'il semble être. Au fil des enquêtes, la jeune femme va découvrir un univers fait de croyances, de légendes, de monstres, d'illuminés... Une série culte qui a influençé un bon nombre de films et séries dans les années 90.